En 1991 profesores de los IES Villalba Hervás y Rafael Arozarena, de La Orotava, decidieron realizar un seminario sobre historia de la ciencia. El tema elegido fue la ciencia griega y se desarrolló durante el curso 91-92, homologado como curso de perfeccionamiento de profesorado. Su éxito, ya que contó con la asistencia de más de 40 profesores, motivó su continuidad y que la Consejería de Educación solicitara al "Seminario Orotava" la extensión de su actividad mediante la organización de cursos en La Laguna y en Las Palmas de Gran Canaria a partir de 1996.
El constante y decidido apoyo de la Consejería de Educación, del Cabildo Insular de Tenerife y del Ayuntamiento de La Orotava permitió que en 1999 el Seminario Orotava se transformara en la Fundación Canaria Orotava de Historia de la Ciencia, un paso necesario para ampliar los tipos de actividades a realizar y gestionarlas con mayor autonomía.
En junio de 2001 se inaugura la sede de la Fundación en el centro de la Villa de La Orotava, escenario donde se planean, organizan y ejecutan la mayoría de las actividades que se reflejan en este sitio en red: seminarios de historia de la ciencia, proyectos de digitalización, congresos y simposios, edición de libros, exposiciones itinerantes, encuentros de estudiantes y contenidos didácticos en línea para profesores y alumnos de secundaria.